Kamis, 26 November 2020

bakteri 1






Bakteri E. Coli  dan  bahan bakar

Bakteri E. Coli  dan  bahan bakar

bakteri E. Coli  adalah bakteri penyebab keracunan makanan pada diare  parah yang mampu mematikan  bila menimpa pada balita dan tidak ditangani secara serius ,  bakteri ini bisa diubah menjadi bahan bakar dengan cara modifikasi genetika organisme bakteri mengembangbiakan  E. Coli sebagai cara memproduksi  bahan bakar organik untuk mesin diesel, bakteri  E. Coli mengubah gula menjadi asam lemak ,  lemak  bisa berubah menjadi molekul hidrokarbon ber unsur bahan bakar,.membutuhkan sedikitnya 100 liter bakteri E. Coli dan diproses satu hari untuk memperoleh satu sendok  bahan bakar .bakteri E.Coli melipatgandakan diri nya tiap 20 menit, 


bakteri E.coli

ribuan   bakteri   yang bermanfaat maupun yang  tidak bermanfaat  berkembangbiak  di seluruh dunia  , bakteri E.coli sangat bermacam macam jenisnya  ,ada bakteri E.coli yang sehari harinya hanya menciptakan racun sehingga memberikan  infeksi  kepada manusia, selain itu ada juga  bakteri E.coli yang  aktif bekerja   membantu manusia  memperlancar 
pencernaan,tanda   tanda  dari  bakteri E.coli  yang menimpa manusia  adalah pendarahan, gangguan ginjal,diare , demam, sayuran mentah,susu mentah, daging mentah, segala yang mentah  sebagai  sarana  penularan bakteri  E.coli , makanan atau minuman yang terkontaminasi   membuat  manusia secara mudah  terinfeksi  bakteri  E.coli ,baru-baru ini terdapat jenis wabah bernama STEC 0157 yang disebabkan oleh bakteri E.coli,E.coli mampu mengakibatkan  penyakit parah, Masa inkubasinya   3 hingga 4 hari,



BAKTERI
 

Bakteri  dari kata Latin bacterium; jamak: bacteria  yaitu   organisme yang tidak mempunyai membran inti sel,organisme ini termasuk ke dalam domain prokariota dan berukuran sangat kecil (mikroskopik),  berperan  besar  dibumi. beberapa  bakteri  sebagai  penyebab  penyakit, sedangkan  lainnya  memberikan manfaat,  sruktur sel bakteri  sederhana: tanpa nukleus /inti sel, kerangka sel, dan organel-organel lain seperti mitokondria dan kloroplas. inilah  perbedaan antara sel prokariot dengan sel eukariot yang lebih kompleks.
Bakteri bisa  ditemukan di   tanah, air, udara, dalam simbiosis dengan organisme lain maupun sebagai agen parasit (patogen),  dalam tubuh manusia, bakteri berukuran 0,5-5 μm, namun  ada bakteri  yang  berdiameter hingga 700 μm, yaitu Thiomargarita  yang  memiliki dinding sel, seperti sel tumbuhan dan jamur, namun  dengan bahan pembentuk  berbeda (peptidoglikan). Beberapa jenis bakteri bersifat motil  mampu bergerak  mobilitasnya ini disebabkan oleh adanya  flagel,
Sejarah   mikroskop pertama  dibuat  oleh Robert Hooke,
Bakteri sebagai  organisme mikroskopik,sehingga  sulit untuk dideteksi, terutama sebelum ditemukannya mikroskop. barulah sesudah  abad ke-19 ilmu tentang mikroorganisme, terutama bakteri (bakteriologi), mulai berkembang. seiring  perkembangan ilmu pengetahuan, masalah  bakteri telah berhasil dipelajari   berkat  Robert Hooke, Antony van Leeuwenhoek, Ferdinand Cohn, dan Robert Koch. Istilah bacterium diperkenalkan oleh Ehrenberg pada tahun 1828, diambil dari kata Yunani βακτηριον (bakterion) yang memiliki arti "batang-batang kecil". pengetahuan tentang bakteri berkembang setelah penelitian  yang dilakukan oleh Louis Pasteur,  melahirkan cabang ilmu mikrobiologi  yaitu bakteriologi sebagai   cabang mikrobiologi yang mempelajari biologi bakteri,
Robert Hooke (1635-1703),  ahli matematika dan sejarawan  Inggris, menulis sebuah buku yang berjudul Micrographia pada tahun 1665 yang berisi hasil pengamatan yang dilakukan dengan menggunakan mikroskop sangat  sederhana. namun,  Robert Hooke  belum melihat struktur bakteri. pada  bukunya tampak hasil penemuannya tentang  tubuh buah kapang sebagai  deskripsi awal  mikroorganisme,
Antony van Leeuwenhoek (1632—1723) sejaman dengan Robert Hooke, saat mikroskop masih sangat sederhana ,karena terinspirasi  karya Robert Hooke, Antony van Leeuwenhoek  merancang  mikroskop  sendiri  untuk meneliti bakteri,  dengan  media alami,  pada tahun 1684  Antoni van Leeuwenhoek berhasil menemukan bakteri untuk pertama kalinya di dunia , pada tahun 1676 hasil temuannya dikirimkan ke Royal Society of London yang kemudian dipublikasikan pada tahun 1684,
Ferdinand Cohn (1828-1898)  seorang botanis  Breslau ( Polandia). hasil penemuannya  tentang bakteri yang resisten terhadap panas. ketertarikannya pada  bakteri ini menghasilkan   penemuan  baru yaitu  bakteri penghasil endospora yang resisten terhadap suhu tinggi, mampu menjelaskan  siklus hidup bakteri Bacillus yang  tahan panas , membuat  klasifikasi bakteri sederhana dan mengembangkan  metode  mencegah kontaminasi pada kultur bakteri, seperti penggunaan kapas sebagai penutup pada labu takar, erlenmeyer, dan tabung reaksi. cara ini kemudian dipakai  oleh ilmuwan Robert Koch,
Robert Koch (1843-1910),  ahli fisika  Jerman,  peneliti  penyakit penyakit  yang disebabkan oleh  bakteri ,Robert Koch awalnya  hanya meneliti  penyakit antraks yang  menyerang hewan   disebabkan oleh Bacillus anthracis, salah satu bakteri penghasil endospora. Robert Koch yang pertama  berhasil mendapat  isolat murni Mycobacterium tuberculosis, bakteri penyebab penyakit tuberkulosis ,Robert Koch berhasil membuat Postulat Koch, yaitu teori  mikroorganisme spesifik untuk penyakit ,  menemukan metode untuk mendapatkan isolat murni dari bakteri. pemakaian  media kultur padat untuk mengembangbiakan  bakteri di luat habitat aslinya.  awalnya ia memakai   kentang  kemudian dikembangkan dengan menggunakan nutrien gelatin. , nutrien gelatin masih mempunyai  banyak kekurangan yang pada akhirnya  digantikan dengan agar  sejenis polisakarida  yang diciptakan  oleh istri Walter Hesse yang juga bekerja bersama Robert Koch,
STRUKTUR SEL
Seperti prokariot (organisme yang tidak mempunyai  membran inti) , semua bakteri mempunyai  struktur sel yang  sederhana. karena tidak mempunyai  membran inti, meteri genetik ( DNA dan RNA) maka  bakteri melayang-layang di daerah sitoplasma yang bernama nukleoid. salah satu struktur bakteri  adalah dinding sel. Bakteri  dibagi  dalam 2  kelompok  berdasar struktur dinding selnya, yaitu bakteri Gram negatif dan bakteri Gram positif. Bakteri Gram positif memiliki dinding sel yang tersusun dari lapisan peptidoglikan (sejenis molekul polisakarida) yang tebal dan asam teikoat   bakteri Gram negatif memiliki lapisan peptidoglikan yang lebih tipis dan mempunyai struktur lipopolisakarida yang tebal. Metode  untuk membedakan kedua jenis ini ciptakan  oleh ilmuwan Denmark, Hans Christian Gram pada tahun 1884.
Banyak bakteri mempunyai  struktur di luar sel lainnya seperti flagela dan fimbria yang digunakan untuk bergerak, melekat dan konjugasi. beberapa bakteri  mempunyai  kapsul untuk  melindungi sel bakteri dari kekeringan dan fagositosis,  Struktur kapsul inilah yang sering kali menjadi faktor virulensi penyebab penyakit, seperti  pada  bakteri Escherichia coli dan bakteri   Streptococcus pneumoniae. kebanyakan  bakteri juga mempunyai  kromosom, ribosom, granula makanan, vakuola gas, dan magnetosom. Beberapa bakteri  membentuk  menjadi endospora yang membuat bakteri  dapat  bertahan hidup di  lingkungan ekstrem. bakteri Clostridium botulinum pemicu  keracunan pada makanan kaleng ini  penghasil endospora yang  tahan suhu dan tekanan tinggi,
MORFOLOGI BAKTERI , berdasar  bentuknya, bakteri dibagi menjadi 3  , yaitu:
Kokus (Coccus) adalah bakteri yang berbentuk bulat  bola  mempunyai  variasi sebagai berikut:
Mikrococcus, jika kecil dan tunggal
Diplococcus, jka berganda dua-dua
Tetracoccus, jika bergandengan empat dan membentuk bujur sangkar
Sarcina, jika bergerombol membentuk kubus
Staphylococcus, jika bergerombol
Streptococcus, jika bergandengan membentuk rantai
Basil (Bacillus) adalah kelompok bakteri yang berbentuk batang atau silinder, dan mempunyai variasi sebagai berikut:
Diplobacillus, jika bergandengan dua-dua
Streptobacillus, jika bergandengan membentuk rantai
Spiral (Spirilum) adalah bakteri yang berbentuk lengkung dan mempunyai variasi sebagai berikut:
Vibrio, (bentuk koma), jika lengkung kurang dari setengah lingkaran (bentuk koma)
Spiral, jika lengkung lebih dari setengah lingkaran
Spirochete, jika lengkung membentuk struktur yang fleksibel.
Bentuk tubuh/morfologi bakteri dipengaruhi oleh keadaan lingkungan, medium, dan usia. Walaupun secara morfologi berbeda-beda, bakteri tetap merupakan sel tunggal yang dapat hidup mandiri bahkan saat terpisah dari koloninya.
ALAT GERAK
Banyak spesies bakteri yang bergerak menggunakan flagel. Bakteri yang tidak memiliki alat gerak biasanya hanya mengikuti pergerakan media pertumbuhannya atau lingkungan tempat bakteri  berada. Sama seperti struktur kapsul, flagel juga dapat menjadi agen penyebab penyakit pada beberapa spesies bakteri. Berdasarkan tempat dan jumlah flagel yang dimiliki, bakteri dibagi menjadi 5 , yaitu:
1.Atrik, tidak memiliki   flagel,
2.Monotrik, memiliki  1 flagel pada salah satu ujungnya,
3.Lofotrik, memiliki  beberapa  flagel pada salah satu ujungnya,
4.Amfitrik, memiliki  1 flagel pada kedua ujungnya,
5.Peritrik, memiliki  flagel pada seluruh permukaan tubuhnya,
HABITAT
Bakteri sebagai  mikroorganisme ubikuotus, yaitu banyak ditemukan di  semua tempat , air, tanah, udara,  daun,  di dalam organisme hidup.  total jumlah sel mikroorganisme yang ada  muka bumi ini adalah 5x1030. Bakteri bisa  ditemukan di dalam tubuh manusia, terutama di dalam saluran pencernaan yang jumlah selnya 10 x  lipat lebih banyak dari jumlah total sel tubuh manusia,
bakteri termofilik Thermus aquaticus  banyak diaplikasikan dalam bioteknologi.
banyak bakteri dalam  saluran pencernaan manusia, terutama pada usus besar, seperti  bakteri asam laktat dan kelompok enterobacter , bakteri Lactobacillus acidophilus , bakteri  probiotik, yang  menguntungkan sebab    mencegah terbentuknya kanker usus besar. , bakteri  ditemukan di permukaan kulit, mata, mulut,  kaki manusia. ri dalam mulut dan kaki manusia ada  kelompok bakteri metilotrof  yang  menggunakan senyawa karbon tunggal untuk menunjang pertumbuhannya. di dalam rongga mulut, bakteri metilotrof ini memakai  senyawa dimetil sulfida untuk memicu  bau pada mulut manusia,
mikroorganisme yang mampu hidup di lingkungan yang ekstrem  menuntut adanya toleransi, mekanisme metabolisme, dan daya tahan sel ,seperti  bakteri  Thermus aquaticus yang hidup di  air panas ber suhu 60-80 oC , bakteri Pseudomonas extremaustralis hidup di Antartika yang  suhu nya di bawah 0 oC, bakteri Halobacterium salinarum dan Halococcus sp.  hidup pada kaar  garam ( NaCl)  sangat tinggi (15-30%).  beberapa jenis bakteri  mampu hidup pada kadar gula tinggi (kelompok osmofil), kadar air rendah (kelompok xerofil), derajat keasaman pH sangat tinggi, dan rendah,
  bakteri dapat bertahan hidup di dalam awan dengan ketingian  10 kilometer,   tim peneliti menggunakan pesawat tua DC-8 yang dimodifikasi sebagai laboratorium terbang berhasil menggambil sampel  bakteri pada  nukleasi es   awan badai  bertahan dalam ionisasi awan,
faktor-faktor lingkungan yang berpengaruh pada  pertumbuhan  bakteri adalah suhu, kelembapan, dan cahaya. alat untuk melihat  kesehatan sel bakteri dalam  berbagai parameter faktor  tersebut, seperti mikroskop optikal, mikroskop elektron, dan atomic force microscope (AFM),
Cahaya:
Cahaya  mempengaruhi pertumbuhan bakteri, bakteri dan mikroorganisme  dapat hidup  pada paparan cahaya normal. ,paparan cahaya dengan intensitas sinar ultraviolet (UV) sangat tinggi mematikan  bakteri. teknik pemakaian  sinar UV, sinar x, dan sinar gamma untuk mensterilkan obyek  dari bakteri dan mikroorganisme lainnya dinamakan  teknik iradiasi sejak awal abad ke-20..  ini telah diaplikasikan secara luas untuk berbagai keperluan, terutama untuk  sterilisasi makanan agar memiliki daya  simpan dan daya tahan tinggi , bakteri patogen yang mampu dihambat  dengan cahaya  yaitu  Escherichia coli 0157:H7 dan Salmonella ,
Radiasi:
Radiasi dengan  kekuatan tertentu memicu kelainan pada  makhluk hidup, termasuk  bakteri. radiasi terlalu tinggi  memicu penyakit hati akut, katarak, hipertensi,  bahkan kanker. ada  bakteri kelompok Deinococcaceae  yang mampu bertahan dari paparan radiasi sangat  tinggi,  manusia  tidak dapat bertahan pada paparan radiasi lebih dari 10 Gray (Gy, 1 Gy = 100 rad), sedangkan bakteri kelompok Deinococcaceae   dapat bertahan hingga 5.000 Gy ,
paparan energi radiasi memicu  mutasi gen dan putusnya rantai DNA. jika
 terjadi pada intensitas yang tinggi, bakteri akan mati , namun bakteri Deinococcus radiodurans mampu  bertahan dari  perusakan materi genetik berkat  sistem adaptasi dan adanya proses perbaikan rantai DNA ,
Suhu:
Suhu berperan  mengatur jalannya reaksi metabolisme bagi semua makhluk hidup, termasuk  bakteri, suhu yang  terlalu  tinggi dari suhu yang dapat ditoleransi akan memicu  denaturasi protein dan komponen sel esensial lainnya sehingga sel akan mati. juga   bila suhu lingkungan  ada  di bawah batas toleransi, membran sitoplasma tidak akan berwujud cair sehingga pengiriman  nutrisi  terhambat dan proses kehidupan sel akan terhenti. berdasarkan  suhu aktivitasnya, bakteri dibagi menjadi 4 antaralain:
Bakteri psikrofil, yaitu bakteri yang hidup pada daerah suhu antara 0°– 30 °C, dengan suhu optimum 15 °C.
Bakteri mesofil, yaitu bakteri yang hidup di daerah suhu antara 15° – 55 °C, dengan suhu optimum 25° – 40 °C.
Bakteri termofil, yaitu bakteri yang dapat hidup di daerah suhu tinggi antara 40° – 75 °C, dengan suhu optimum 50 - 65 °C
Bakteri hipertermofil, yaitu bakteri yang hidup pada kisaran suhu 65 - 114 °C, dengan suhu optimum 88 °C.
Kelembaban relatif:
bakteri memerlukan kelembaban relatif (relative humidity, RH) yang  tinggi, kira-kira 85%. Kelembaban relatif dapat didefinisikan sebagai kandungan air yang ada  di udara. pengurangan kadar air dari protoplasma mengakibatkan  proses  metabolisme terhenti, misalnya pada proses pembekuan dan pengeringan.  bakteri Escherichia coli akan mengalami penurunan daya tahan dan elastisitas dinding selnya saat RH lingkungan kurang dari 84%. Bakteri gram positif cenderung hidup di  kelembaban udara yang lebih tinggi dibandingkan dengan bakteri gram negatif,  terkait dengan perubahan struktur membran selnya yang mengandung lipid bilayer.
Keanekaragaman bakteri dan jalur metabolismenya memicu  bakteri berperan dalam ingkungan. seperti  bakteri saprofit yang  menguraikan  tumbuhan atau hewan yang telah mati ,bakteri ini  menguraikan protein, karbohidrat dan senyawa organik lain menjadi CO2, gas amoniak,  senyawa-senyawa  yang lebih sederhana,  bakteri saprofit antara lain Proteus dan Clostridium.  beberapa kelompok bakteri saprofit juga menjadi patogen oportunis,
 bakteri pengikat N2    Frankia alni ,  yang berasosiasi dengan tanaman membentuk bintil akar,
bakteri nitrifikasi bersifat kemolitotrof berperan dalam siklus nitrogen, yang mampu menyusun senyawa nitrat dari senyawa amonia yang pada umumnya berlangsung secara aerob di dalam tanah.  Nitrifikasi terdiri atas dua tahap yaitu nitritasi (oksidasi amonia (NH4) menjadi nitrit (NO2-)) dan nitratasi (oksidasi senyawa nitrit menjadi nitrat (NO3)). dalam bidang pertanian, nitrifikasi menghasilkan senyawa yang dibutuhkan  oleh tanaman yaitu nitrat. sesudah  reaksi nitrifikasi selesai, akan terjadi proses dinitrifikasi yang dilakukan oleh bakteri denitrifikasi. Denitrifikasi adalah  reduksi anaerobik senyawa nitrat menjadi nitrogen bebas (N2) yang lebih mudah diserap dan dimetabolisme oleh semua  makhluk hidup.  bakteri yang dapat  melakukan metabolisme ini adalah Pseudomonas stutzeri , Pseudomonas aeruginosa, and Paracoccus denitrificans . Di samping itu, reaksi ini juga menghasilkan nitrogen dalam bentuk lain, seperti dinitrogen oksida (N2O). Senyawa tersebut ini  berperan penting bagi hidup berbagai organisme,  juga  berperan dalam fenomena hujan asam dan rusaknya ozon. Senyawa N2O akan dioksidasi menjadi senyawa NO dan selanjutnya bereaksi dengan ozon (O3) membentuk NO2- yang akan kembali ke bumi dalam bentuk hujan asam (HNO2),
 kelompok bakteri yang mampu bersimbiosis dengan akar tanaman penyuburan tanah. yang dinamakan bakteri pengikat nitrogen ( bakteri nitrogen)  , mampu mengikat nitrogen  terutaman N2  bebas di udara dan mereduksinya menjadi senyawa amonia (NH4) dan ion nitrat (NO3-) dengan  bantuan enzim nitrogenase,   bakteri ini  bersimbiosis dengan tanaman kacang-kacangan  untuk membentuk suatu simbiosis mutualisme berupa nodul ( bintil akar )  untuk mengikat nitrogen bebas di udara yang biasanya  digunakan oleh  mahluk hidup .  kelompok bakteri ini adalah  kelompok  rhizobia, seperti genus bakteri Rhizobium, Bradyrhizobium , Mesorhizobium , Photorhizobium , dan Sinorhizobium .  bakteri nitrogen yang hidup bersimbiosis dengan tanaman kacang kacangan  yaitu Rhizobium leguminosarum , yang hidup di akar membentuk nodul ( bintil-bintil akar)
 beberapa  bakteri  mampu melakukan proses fermentasi ,ini  diterapkan pada pengolahan makanan. bahan pangan yang telah difermentasi  akan memiliki masa simpan yang lebih lama, memberikan cita rasa baru ,beberapa makanan hasil fermentasi dan mikroorganismenya ,  antaralain:
 produk : Bahan  :   Bakteri :
Sosis          daging      Pediococcus cerevisiae
Kefir             susu        Streptococcus lactis dan Lactobacillus bulgaricus
Yoghurt susu  Streptococcus thermophilus dan  Lactobacillus bulgaricus ,
Mentega susu   Streptococcus lactis
Terasi               ikan       Lactobacillus sp.
Asinan              buah   Lactobacillus sp.
 bakteri pengurai dan patogen berkembangbiak di dalam makanan,  bakteri ini  memetabolisme  komponen  komponen di dalam makanan  kemudian menghasilkan metabolit sampingan yang bersifat racun.seperti  bakteri  Clostridium botulinum yang  memproduksi  racun botulinin, dalam makanan kalengan namun  kini senyawa ini  dipakai sebagai bahan dasar botox,
Beberapa contoh bakteri perusak makanan,antaralain:
bakteri  Burkholderia gladioli (sin. Pseudomonas cocovenenans),  memproduksi asam bongkrek,  pada tempe bongkrek,
bakteri Leuconostoc mesenteroides , penyebab pembentukkan gas, pelendiran makanan, penurunan pH,
bakteri  Ralstonia solanacearum penyebab layu pada tanaman tomat,
bakteri Erwinia carotovora penyebab busuk  pada tanaman anggrek,
perkembangan patogennya, meluas  mematikan titik tumbuh tanaman,  bakteri patogen tanaman  Xanthomonas oryzae pv. oryzae (Swings et al. 1990) menyebabkan penyakit layu  daun pada padi,( penyakit kresek) ,
bakteri Sclerotium rolsfii  menyebabkan. penyakit busuk pangkal batang pada tanaman kedelai ,
bakteri  Fusarium oxysporum f.sp. cubense (Foc) menyebabkan layu fusarium pada tanaman pisang. bakteri ini menganggu proses penyerapan, transportasi air , zat makanan di dalam tanah,
senyawa  Antibiotik yaitu  zat yang diproduksi  oleh mikroorganisme , Antibiotik menghambat kegiatan kegiatan  mikroorganisme sehingga  digunakan untuk  menyembuhkan  penyakit. Beberapa bakteri yang menghasilkan antibiotik yaitu:
Penicillium, memproduksi  antibiotik penisilin,
Bacillus polymyxa , memproduksi menghasilkan antibiotik polimiksin,
Streptomyces griseus , memproduksi  antibiotik streptomisin,
Streptomyces aureofaciens , memproduksi  antibiotik tetrasiklin,
Streptomyces venezuelae , memproduksi  antibiotik kloramfenikol,
selain menjadi  antibiotik, bakteri bisa menjadi   patogen.
bakteri patogen  Brucella abortus yang menyebabkan brucellosis pada sapi dan bakteri patogen  Bacillus anthracis yang menyebabkan antraks.
bakteri patogen   Xanthomonas oryzae yang  menyebabkan pucuk batang padi mati,
bakteri patogen  Erwinia amylovora yang menyebabkan buah-buahan busuk,
bakteri patogen  Salmonella enterica subspesies I serovar Typhi yang menyebabkan   penyakit tifus, bakteri patogen  Mycobacterium tuberculosis yang menyebabkan penyakit TBC,
bakteri patogen   Clostridium tetani yang menyebabkan penyakit tetanus.,
Dekomposisi:
Proses degradasi jasad makhluk hidup dilakukan oleh  microorganisme, salah satunya adalah bakteri.  bakteri heterotrof   mendegradasi senyawa organik  untuk menunjang pertumbuhan bakteri . proses dekomposisi ini dibantu oleh  jenis enzim untuk memecah mecah  makromolekul   karbohidrat, protein, dan lemak, yang  dipecah menjadi senyawa yang lebih sederhana. , enzim protease  memecah protein menjadi senyawa lebih sederhana, seperti asam amino. Proses dekomposisi ini   pengembalian unsur-unsur, terutama karbon dan nitrogen, ke alam untuk masuk ke dalam siklus lagi,
Dekomposisi jasad makhluk hidup dimulai dari  bakteri yang ada  di dalam tubuh manusia, dimulai dari jaringan-jaringan otot. Proses ini dipercepat saat tubuh manusia  telah dikuburkan. proses  pertama dalam dekomposisi ini adalah hidrolisis protein oleh protease yang  membentuk asam amino. kemudian , asam amino  diubah menjadi asam asetat, gas hidrogen, gas nitrogen, dan karbon dioksida hal ini mengakibatkan   pH lingkungan  turun menjadi  5.  ini dilakukan oleh bakteri acetogen . di  tahap akhir, semua senyawa  diubah menjadi gas metana oleh metanogen,
Dalam pemberian antibiotik harus diketahui jenis bakterinya apakah Gram positif atau negatif. Di bawah ini adalah daftar bakteri nya;
Thiobacter (Gram -) Treponema (Gram -) Vibrio (gGram -) Yersinia (Gram -)
Rickettsia (Gram -) Salmonella (Gram -) Serratia (Gram -) Shigella (Gram -)
Acetobacter (Gram -) Borrelia (Gram -) Bortadella (Gram -) Burkholderia (Ggram -) Campylobacter (Gram -) Chlamydia (Gram -) Enterobacter (Gram -) Escherichia (Gram -) Fusobacterium (Gram -) Helicobacter (Gram -) Hemophilus (Gram -) Klebsiella (Gram -) Legionella (Gram -) Leptospiria (Gram -) Neisseria (Gram -) Nitrobacter (Gram -) Proteus (Gram -) Pseudomonas (Gram -)
Nocardia (Gram +) Propionibacterium (Gram +) Staphylococcus (Gram +) Streptococcus (Gram +) Streptomyces (Gram +)
Actinomyces (Gram +) Bacillus (Gram +) Clostridium (Gram +) Corynebacterium (Gram +) Enterococcus (Gram +) Gardnerella (Gram +) Lactobacillus (Gram +) Listeria (Gram +) Mycobacterium (Gram +) Mycoplasma (Gram +)
Gram positif :
Actinobacteria,Firmicutae,Tenericutae (tanpa dinding)
    Gram negatif :
Gemmatimonadetae,Nitrospirae,Proteobacteria,
Spirochaetae,Synergistae,Aquificae,Bacteroidetae / Chlorobia,
Chlamydiae/ Verrucomicrobia,Deinococcus-Thermus,Fusobacteria
   Tidak diketahui :
Deferribacterae,Dictyoglomi,Fibrobacteria,Planctomycota,
Thermodesulfobacteria,Thermotogae,Acidobacteria,Chloroflexiae,
Chrysiogenetae Cyanobacteria,



BAKTERI  STREPTOCOCCUS PNEUMONIAE
Klasifikasi ilmiah
Domain:Bacteria,Filum: Firmicutes,Kelas:Cocci,Ordo:Lactobacillales,
Famili: Streptococcaceae,Genus:Streptococcus,
Spesies:S. pneumoniae,
Streptococcus pneumoniae, atau pneumokokus, yaitu  anggota dari genus Streptococcus yang Gram-positif, alfa-hemolitik (dalam kondisi aerob) atau beta-hemolitik (dalam kondisi anaerob), dan anaerob fakultatif. ini bakteri patogen pada manusia yang signifikan, S. pneumoniae  sebagai penyebab  pneumonia ,
S. pneumoniae hidup tanpa memicu  gejala di nasofaring dari manusia yang sehat. rongga hidung,saluran pernapasan, sinus  bagian dari tubuh inang yang  terinfeksi rentan dialami  pasien lanjut usia  , penderita imunodefisiensi dan  pasien anak-anak, bakteri bisa menjadi patogen, menyebar memicu  penyakit , S. pneumoniae memicu  community acquired pneumonia dan meningitis ,  S. pneumoniae memicu  septikemia pada orang yang terinfeksi HIV. ,ditularkan lewat  bersin, batuk,
atau  menyentuh pengidap,
 banyak jenis infeksi yang memicu  pneumokokus seperti  penyakit pneumokokus invasif antaralain: perikarditis, selulitis,  abses otak,bronkitis, rinitis, sinusitis akut, otitis media, konjungtivitis, meningitis, bakteremia, sepsis, osteomielitis, artritis septik, endokarditis, peritonitis,
S. pneumoniae bersama dengan Neisseria meningitidis pemicu penyakit meningitis bakteri ,   S. pneumoniae  salah satu dari dua isolat  yang ditemukan pada infeksi telinga, otitis media. penyakit  Pneumonia pneumokokus dialami pasien lanjut usia,
S. pneumoniae dapat dibedakan dari viridans streptococci, beberapa di antaranya  alfa-hemolitik, menggunakan tes optochin  S. pneumoniae  sensitif optochin ,
S. pneumoniae  dibedakan berdasarkan sensitivitasnya terhadap lisis oleh empedu, (uji kelarutan empedu) . Bakteri kokoid, Gram-positif, dan berkapsul ini mempunyai  morfologi yang khas pada pewarnaan Gram, diplokokus berbentuk lanset. ini mempunyai  kapsul polisakarida yang bertindak sebagai faktor virulensi untuk organisme ini;




BAKTERI  HELICOBACTER PYLORI

Klasifikasi ilmiah
Domain: Bacteria,.Filum: Proteobacteria,Kelas: Epsilonproteobacteria,
Ordo: Campylobacterales,Famili: Helicobacteraceae,Genus:Helicobacter,
Spesies:H. pylori,
Helicobacter pylori, atau Campylobacter pylori, yaitu  bakteri mikroaerofil Gram-negatif yang ada di lambung   ini  ditemukan   oleh ilmuwan Australia Robin Warren dan Barry Marshall pada 1982   ,  bakteri ini  dialami penderita  gastritis dan ulkus peptikum kronis, H. pylori  terkait dengan  ulkus duodenum dan kanker lambung,  kebanyakan pasien yang terinfeksi dengan bakteri  ini tidak merasakan  gejala,
kebanyakan mahluk hidup   memiliki H. pylori di saluran pencernaan bagian atas ,
heliks H. pylori ini (telah berevolusi untuk menembus lapisan bermukus perut,
pasien yang terinfeksi H. pylori tidak pernah mengalami gejala atau komplikasi,
 Infeksi  mungkin muncul sebagai gastritis akut dengan  gejala sakit perut atau mual. bila  ini berkembang menjadi gastritis kronis, maka  gejalanya sakit perut, mual, kembung, bersendawa,  muntah ,
pasien yang terinfeksi  H. pylori  mengidap  ulkus peptikum dan  kanker lambung,  Peradangan pada antrum pilorus lebih cenderung memicu ulkus duodenum,  radang corpus (tubuh lambung)  cenderung memicu tukak lambung dan karsinoma lambung. , H. pylori berpengaruh di  tahap pertama yang mengarah ke peradangan kronis namun  tidak di tahap lebih lanjut yang mengarah ke karsinogenesis. mengatasi H. pylori  mampu mengurangi risiko kanker lambung pada orang yang terinfeksi sebelumnya,
H. pylori telah dikaitkan dengan polip kolorektal , kanker kolorektal dan penyakit mata.
gejala ulkus seperti  mual, muntah, dan kehilangan nafsu makan. perdarahan berkepanjangan dapat memicu  anemia yang menyebabkan rasa lemah bila perdarahan berat, akan terjadi hematemesis, hematochezia,  melena ,
Fisiologi:
H. pylori adalah mikroaerofi  yang memelukan  oksigen, namun pada konsentrasi lebih rendah daripada di atmosfer. H. pylori mengandung hidrogenase yang dapat menghasilkan energi dengan mengoksidasi hidrogen molekuler (H2) yang dibuat oleh bakteri usus. H. pylori menghasilkan urease ,oksidase, katalase,
 seperti bakteri Gram negatif lainnya, membran luar H. pylori terdiri dari fosfolipid dan lipopolisakarida (LPS). Antigen O dari LPS dapat difukosilasi dan meniru antigen golongan darah Lewis yang ditemukan di epitel lambung. membran luar juga mengandung glukosida kolesterol, yang terdapat pada beberapa bakteri lainnya.
H. pylori memiliki 5 famili protein membran luar utama. Famili terbesar meliputi adhesin yang sudah dikenal dan putatif. Keempat famili lainnya adalah protein yang tidak diketahui fungsinya, porin, transporter besi, protein terkait flagela,
H. pylori yaitu  bakteri Gram negatif berbentuk heliks ( sebagai batang melengkung, bukan spiroket)  panjangnya  3 μm , diameter  0.5 μm. H. pylori dapat diterapkan  di jaringan pada   mikroskop fase-kontras  dengan pewarnaan oranye akridin, pewarnaan Gram , pewarnaan Giemsa, pewarnaan hematoksilin-eosin, pewarnaan perak Warthin-Starry,
 H. pylori  membentuk biofilm  dapat berubah dari bentuk spiral menjadi kokoid yang viabel namun tidak dapat dikultur,
H. pylori memiliki 4 sampai 6 flagela di tempat yang sama; semua spesies Helicobacter lambung dan enterohepatik sangat motil karena mempunyai  flagela,  Filamen flagelar karakteristik dari Helicobacter terdiri dari 2 flagelin yang dapat dikopolimerisasi, FlaA dan FlaB,



BAKTERI  ESCHERICHIA COLI
Klasifikasi ilmiah
Domain: Bacteria, Filum: Proteobacteria, Kelas: Gammaproteobacteria
Ordo: Enterobacteriales, Famili: Enterobacteriaceae, Genus: Escherichia
Spesies: E. coli
Escherichia coli, atau E. coli, adalah salah satu jenis spesies utama bakteri gram negatif. ini  ditemukan oleh Theodor Escherich  dalam usus besar manusia,   E. Coli tidak berbahaya, tetapi  E. Coli tipe O157:H7, memicu  keracunan makanan ,diare berdarah karena eksotoksin yang dihasilkan bernama verotoksin. Toksin ini    menghilangkan satu basa adenin dari unit 28S rRNA, sehingga menghentikan sintesis protein.  bakteri ini ada dalam  daging merah mentah murah yang belum masak, E. Coli yang tidak berbahaya mampu membantu manusia  memproduksi vitamin K2,  mencegah bakteri lain di dalam usus, E. coli  digunakan dalam teknologi rekayasa genetika.  sebagai vektor untuk menyisipkan gen-gen tertentu yang diinginkan untuk dikembangkan. E. coli pertumbuhan   E. coli sangat cepat dan mudah dalam penanganannya,


BAKTERI   SALMONELLA
Klasifikasi ilmiah
Kingdom: Bacteria ,Filum: Proteobacteria,Kelas: Gamma Proteobakteria
Ordo: Enterobakteriales,Famili: Enterobakteriakceae,Genus: Salmonella
Salmonella yaitu  genus bakteri enterobakteria gram-negatif berbentuk tongkat yang menyebabkan  penyakit tifus,  tifoid, paratifod,   foodborne,makanan  beracun,
 Salmonella  bergerak bebas  menghasilkan hidrogen sulfida. Salmonella ditemukan dinamai  dari Daniel Edward Salmon, ahli patologi Amerika,  sebenarnya, temannya Theobald Smith  dengan  hasilnya karnyanya yaitu  anafilaksis  yang pertama kali menemukan bakterium tahun 1885 pada tubuh babi, serotipe Salmonella menyebabkan penyakit pada organ pencernaan. penyakit yang disebabkan oleh Salmonella dinamakan  salmonellosis. gejala  salmonellosis yaitu  diare, keram perut,  demam, sakit kepala, mual dan muntah-muntah  72 jam,  setelah mengonsumsi makanan yang terkontaminasi  Salmonella.   3 serotipe  dari jenis S. enterica adalah Salmonella  typhi, Salmonella typhimurium, dan  Salmonella  enteritidis,Salmonella typhi menyebabkan penyakit demam tifus (Typhoid fever), karena  bakteri  masuk  ke dalam pembuluh darah ,   gastroenteritis   disebabkan oleh keracunan makanan/intoksikasi ,  Salmonella  typhi hanya menyerang manusia saja  ,Infeksi Salmonella  berakibat fatal kepada semua pasien ini disebabkan karena kekebalan tubuh mereka yang menurun.  Salmonella bisa  dicegah dengan cara  mencuci tangan dan menjaga kebersihan ,



BAKTERI STRAPHYLOCOCCUS AUREUS
Klasifikasi ilmiah
Domain: Bacteria ,Kingdom: Eubacteria,Filum:Firmicutes,Kelas:Bacilli
Ordo: Bacillales,Famili: Staphylococcaceae
Genus: Staphylococcus, Spesies: S. aureus
Staphylococcus aureus  yaitu  bakteri gram positif yang memproduksi  pigmen kuning, bersifat anaerob fakultatif, tidak memproduksi  spora  ,  tidak motil,  tumbuh berpasangan , diameter  0,8-1,0 µm. ,tumbuh pada suhu 37oC ,  waktu pembelahan 0,47 jam , bakteri  ini  mikroflora normal manusia. Bakteri ini ada di  saluran pernapasan atas dan kulit  jarang menyebabkan penyakit  hanya sebagai karier ,  Infeksi terjadi saat  resistensi inang melemah karena  perubahan hormon;  penyakit, luka, atau  steroid  yang memengaruhi imunitas sehingga terjadi pelemahan inang,
Infeksi bakteri  diasosiasikan dengan beberapa  patologi, seperti  bisul, jerawat, pneumonia, meningitis,  arthritits  yang bernanah,  bakteri ini disebut piogenik.
bakteri ini  menghasilkan katalase, yaitu enzim yang mengkonversi H2O2 menjadi H2O dan O2, dan koagulase, enzim yang menyebabkan fibrin berkoagulasi dan menggumpal. Koagulase diasosiasikan dengan patogenitas karena penggumpalan fibrin yang disebabkan oleh enzim ini terakumulasi di sekitar bakteri sehingga agen pelindung inang kesulitan mencapai bakteri dan fagositosis terhambat,
Mikrobiologi:
bakteri ini  termasuk bakteri osmotoleran, yaitu bakteri yang dapat hidup di lingkungan  rentang konsentrasi zat terlarut ( garam) , dapat hidup pada konsentrasi NaCl sekitar 3 Molar. Habitat alami bakteri ini  pada manusia adalah di daerah kulit, hidung, mulut,  usus besar, di mana pada keadaan sistem kekebalan  normal, bakteri ini  tidak bersifat patogen (mikroflora normal manusia),
Leukocidin:
Toksin ini mematikan  leukosit sel inang.
Exfoliatin:
Exfoliatin termasuk dalam superantigen juga, menyebabkan sindrom kulit melepuh pada anak-anak,
Protein A:
Letak protein A ada pada dinding sel    bakteri ini   dan dapat mengganggu sistem imun inang dengan mengikat antibodi immunoglobin G (IgG).
Eksotoksin sitolitik:
α-toksin, β-toksin, γ-toksin, dan δ-toksin menyerang membran sel mamalia. α-toksin, β-toksin, dan δ-toksin dapat menyebabkan hemolisis. δ-toksin juga memicu  leukolisis sel inang. γ-toksin memicu  matinya  sel inang,
Enterotoksin:
Enterotoksin memicu  keracunan makanan. Enterotoksin yaitu  superantigen yang lebih stabil pada suhu panas jika dibandingkan dengan S. aureus. enterotoksin (A, B, C, D, dan E) menginduksi diare, muntah dan shock.
Resisten penisilin:
Hampir semua isolat S. aureus resisten terhadap penisilin G.  ini disebabkan oleh keberadaan enzim β-laktamase yang  merusak struktur β-laktam pada penisilin,  Untuk mengatasi hal ini, dapat digunakan penisilin yang bersifat resisten β-laktamase, seperti  oksasilin atau nafcillin ,
Faktor Virulensi Koagulase:
bakteri ini   menghasilkan  enzim koagulase untuk  menggumpalkan fibrinogen di dalam plasma darah sehingga  bakteri ini     terlindung dari fagositosis dan respon imun lain dari inang,




BAKTERI  LACTOBACILLUS
Klasifikasi ilmiah
Kingdom:Bacteria,Divisi:Firmicutes,Kelas:Bacilli,Ordo:Lactobacillales
,Famili: Lactobacillaceae,Genus:Lactobacillus
Spesies:
L. acetotolerans,L. acidifarinae,L. acidipiscis,L. acidophilus,L. agilis,L. algidus,L. alimentarius,L. amylolyticus,L. amylophilus,L. amylotrophicus,L. amylovorus,
L. animalis,L. antri,L. apodemi,L. aviarius,L. bifermentans,L. brevis,L. buchneri,L. camelliae,L. casei,L. catenaformis,L. ceti,L. coleohominis,L. collinoides,L. composti,L. concavus,L. coryniformis,L. crispatus,L. crustorum,L. curvatus,L. delbrueckii subsp. delbrueckii,L. delbrueckii subsp. bulgaricus,L. delbrueckii subsp. lactis,L. dextrinicus,L. diolivorans,L. equi,L. equigenerosi,L. farraginis,L. farciminis,L. fermentum,L.fornicalis,L. fructivorans,L. frumenti,L. fuchuensis,L. gallinarum,L. gasseri,L. gastricus,L. ghanensis,L. graminis,L. hammesii,L. hamsteri,L. harbinensis,L. hayakitensis,L. helveticus,L. hilgardii,L. homohiochii,
L. iners,L. ingluviei,L. intestinalis,L. jensenii,L. johnsonii,L. kalixensis,L. kefiranofaciens,L. kefiri,L. kimchii,L. kitasatonis,L. kunkeei,L. leichmannii,
L. lindneri,L. malefermentans,L. mali,L. manihotivorans,L. mindensis,
L. mucosae,L. murinus,L. nagelii,L. namurensis,L. nantensis,L. oligofermentans,L. oris,L. panis,L. pantheris,L. parabrevis,L. parabuchneri,L. paracollinoides,
L. parafarraginis,L. parakefiri,L. paralimentarius,
L. paraplantarum,L. pentosus,L. perolens,L. plantarum,L. pontis,L. psittaci,L. rennini
,L. reuteri,L. rhamnosus,L. rimae,L. rogosae,L. rossiae,L. ruminis,L. saerimneri,L. sakei,L. salivarius,L. sanfranciscensis,L. satsumensis,L. secaliphilus,L. sharpeae,L. siliginis,L. spicheri,L. suebicus,L. thailandensis,L. ultunensis,L. vaccinostercus,L. vaginalis,L. versmoldensis,L. vini,L. vitulinus,L. zeae,L. zymae,
Lactobacillus yaitu  genus bakteri gram-positif , anaerobik fakultatif atau mikroaerofilik. produksi asam laktatnya membuat lingkungan bersifat asam  mengganggu pertumbuhan  bakteri merugikan. Beberapa anggota genus ini telah memiliki genom sendiri,Genus bakteri ini membentuk sebagian besar dari kelompok bakteri asam laktat, sebab anggotanya dapat mengubah laktosa dan gula  menjadi asam laktat.  bakteri ini tidak berbahaya , bakteri ini  ditemukan di dalam vagina dan sistem pencernaan  mereka bersimbiosis sebagian kecil dari flora usus. Lactobacillus dapat  membusukkan materi tanaman ,
Lactobacillus spp. dan bakteri asam laktat sebagai  pengobatan  rasa nyeri, anti-kanker,  anti-tumor,  pengaturan asupan makanan membantu tubuh bertahan dari risiko jenis kanker ,volum dan kemampuan membelah yang dirangsang berbagai zat karsinogen. beberapa jenis bakteri menurunkan formasi ikatan ADN, memperbaiki kerusakan ADN dan mencegah lesi yang putatif preneoplastik, seperti abberant crypt foci yang dirangsang zat kimia karsinogen di sistem pencernaan. beberapa kultur yang diberikan pada hewan menghambat tumor hati, usus besar, anus, dan kelenjar susu, menekankan potensi efek sistemis dari probiotik dengan aktivitas anti-neoplastik.
Lactobacillus untuk membuat  makanan hasil fermentasi  yogurt, keju, sauerkraut, acar, bir, anggur , cuka, kimchi, cokelat, terasi  ,pakan hewan  silase. roti adonan asam, dibuat dengan kultur simbiotik antara ragi dengan bakteri asam laktat yang berkembang di media pertumbuhan air dan tepung. L. casei dan L. brevis , membusukkan bir.  dengan menurunkan pH bahan fermentasinya dengan membentuk asam laktat,
Laktobasili untuk mengembalikan keseimbangan fisiologis tertentu seperti ekosistem vagina ( Ginoflora). Peran Laktobasili  secara fisis melindungi epitelium vagina dengan membangun lapisan tebal yang memisahkan epitelium dengan patogen, membentuk hidrogen peroksida yang melawan patogen.secara fisiologis menjaga keseimbangan ekosistem vagina dengan mempertahankan pH pada ~4,5 dan ,
Metabolisme:
Banyak laktobasili  bekerja secara metabolisme homofermentatif (hanya membentuk asam laktat dari gula, bandingkan dengan laktobasili heterofermentatif yang dapat membentuk alkohol atau asam laktat dari gula) dan juga aerotoleran, walaupun tak memiliki sama sekali rantai pernapasan. Aerotoleransi ini bergantung pada mangan dan telah diteliti sebagai Lactobacillus plantarum . Banyak Lactobacillus tidak memerlukan besi untuk pertumbuhan dan memiliki toleransi hidrogen peroksida yang sangat tinggi.
Taksonomi:
Genus Lactobacillus  terdiri dari  lebih dari 125 spesies dan mencakup jenis organisme yang luas. Genus ini polifiletik dengan genus Pediococcus membagi kelompok L. casei, dan spesies L. acidophilus , L. salivarius , dan L. reuteri menjadi perwakilan dari tiga subclade yang berbeda. Genus Paralactobacillus termasuk di dalam kelompok L. salivarius. Dalam beberapa tahun ini, anggota lain dari genus Lactobacillus ( dikenal dengan cabang Leunocostoc dari Lactobacillus) telah diklasifikasi ulang ke dalam genera Atopobium , Carnobacterium , Weissella , Oenococcus , dan Leuconostoc.  akhir-akhir ini, P. dextrinicus , yang merupakan spesies Pediococcus, telah telah diklasifikasi ulang sebagai spesies Lactobacillus ,
beberapa spesies Lactobacillus telah diasosiasikan dengan karies gigi. jumlah Lactobacillus pada air ludah  digunakan sebagai acuan dalam "tes karies" ini adalah satu dari banyak argumen  untuk mendukung penambahan fluorida (F-) pada pasta gigi ,
berdasar dari metabolismenya, spesies Lactobacillus  dibagi menjadi 3 kelompok:
Homofermentatif obligat (Kelompok I)
L. helveticus , L. salivariusL. acidophilus, L. delbrueckii ,
Heterofermentatif fakultatif (Kelompok II)
L. plantarum , L. sakeiL. casei , L. curvatus ,
Heterofermentatif obligat (Kelompok III)
L. fermentum , L. reuteri,L. brevis , L. buchneri,




BAKTERI   STREPTOCOCCUS
Klasifikasi ilmiah
Domain:Bacteria,Filum: Firmicutes,Kelas:Bacilli,Ordo: Lactobacillales,
Famili: Streptococcaceae, Genus:Streptococcus,
Species:
S. agalactiae,S. anginosus,S. bovis,S. canis,S. constellatus,S. downei,S. dysgalactiae,S. equinus,S. ferus,S. infantarius,S. iniae,S. intermedius,S. milleri,S. mitis,S. mutans,
S. oralis,S. orisratti,S. parasanguinis,S. peroris,S. pneumoniae,S. pseudopneumoniae,S. pyogenes,S. ratti,S. salivarius,S. tigurinus,S. thermophilus,S. sanguinis,S. sobrinus,S. suis,S. uberis,S. vestibularis,S. viridans,S. zooepidemicus,
Streptococcus yaitu salah satu genus dari bakteri nonmotil yang mengandung sel gram positif, ada   di bagian mulut, usus manusia ,usus hewanberbentuk buat, oval dan membentuk rantai pendek, panjang atau berpasangan. tidak membentuk spora,digunakan untuk fermentasi makanan dan minuman,   Spesies bakteri Streptococcus yang bersifat patogen  dapat memicu  penyakit seperti erisipelas, radang tenggorokan, endokarditis,pneumonia, meningitis, necrotizing fasciitis,
  bakteri ini jadi bahan pembuatan keju dan yogurt.
berdasarkan kombinasi sifat antigen, hemolitik dan fisiologisnya, genus  banteri ini dibagi menjadi grup A, B, C, D, F, dan G. Grup A dan D  ditularkan pada manusia melalui makanan. Grup A terdiri dari satu spesies dengan 40 tipe antigen. Spesies dari grup A tersebut adalah S. pyogenes,  Klasifikasi bakteri dari genus Streptococcus disusun berdasarkan sifat-sifat hemolitik yang dimiliki yaitu Streptococcus hemolitik alpha, hemolitik beta, dan hemolitik gamma.



BAKTERI   PSEUDOMONAS AERUGINOSA
Klasifikasi ilmiah
Kingdom: Bacteria,Filum: Proteobacteria,Kelas: Gamma Proteobacteria,
Ordo: Pseudomonadales,Famili: Pseudomonadaceae,
Genus: Pseudomonas,  Spesies: Pseudomonas aeruginosa,
Sinonim:
Bacillus aeruginosus (Schroeter 1872) Trevisan 1885,
Bacillus pyocyaneus (Zopf 1884) Flügge 1886,
Pseudomonas pyocyanea (Zopf 1884) Migula 1895,
Bacterium pyocyaneum (Zopf 1884) Lehmann and Neumann 1896,
Pseudomonas polycolor Clara 1930,
Pseudomonas vendrelli nomen nudum 1938,
Bacterium aeruginosum Schroeter 1872,
Bacterium aeruginosum Cohn 1872,
Micrococcus pyocyaneus Zopf 1884,
Tipe keturunan:
LMG 1242,NBRC 12689,NCCB 76039,NCIMB 8295,NCTC 10332,
NRRL B-771,VKM B-588,ATCC 10145,CCUG 551,CFBP 2466,CIP 100720,
DSM 50071,JCM 5962,
Pseudomonas aeruginosa yaitu  bakteri gram negatif aerob obligat, bakteri ini  tidak dapat menfermentasikan karbohidrat,berkapsul,Bakteri ini ada  di tanah, air, tanaman, dan hewan,  mempunyai flagella polar , bakteri ini bersifat motil, berukuran  0,5-1,0 µm, bakteri ini tidak memproduksi  spora ,pada uji biokimia, bakteri ini menghasilkan dampak positif pada uji indol, Merah Metil, dan Voges-Proskauer.
P. aeruginosa adalah patogen oportunistik pemicu infeksi pneumonia nosokomial,
saat  bakteri ini ditumbuhkan pada media yang sesuai, bakteri ini  memproduksi pigmen nonfluoresen berwarna kebiruan, piosianin. Beberapa strain Pseudomonas menghasilkan pigmen fluoresen berwarna hijau, yaitu pioverdin. bakteri ini   dipakai untuk mendegradasi zat - zat pestisida,


BAKTERI   BACILLUS SUBTILLIS
Klasifikasi ilmiah
Domain:.Bacteria,Filum:.Firmicutes,Kelas:Bacilli,
Ordo: Bacillales,Famili:Bacillaceae,Genus:Bacillus,
Spesies:B. subtilis,
B. subtilis  dianggap sebagai ekuivalen Gram-positif dari Escherichia coli, suatu bakteri Gram-negatif yang diteliti ,B. subtilis diadopsi sebagai organisme model untuk penelitian  terutama dari sporulasi,  ini  merupakan contoh sederhana dari diferensiasi seluler, Bacillus subtilis sebagai  bakteri Gram-positif, berbentuk batang dan katalase -positif. Bakteri ini pada awalnya dinamai Vibrio subtilis oleh Christian Gottfried Ehrenberg, dan dinamai ulang menjadi Bacillus subtilis oleh Ferdinand Cohn pada tahun 1872 (subtilis adalah bahasa Latin untuk 'baik'). Sel B. subtilis  berbentuk batang, dengan panjang  4-10 mikrometer (μm) dan diameter 0,25-1,0 μm, dengan volume sel sekitar 4,6 fL di fase stasioner. Seperti bakteri lain dari genus Bacillus, B. subtilis dapat membentuk endospora, untuk bertahan hidup dalam kondisi lingkungan yang ekstrim dari suhu dan pengeringan. B. subtilis adalah anaerob fakultatif dan telah dianggap sebagai aerob obligat sampai 1998. B. subtilis mempunyai  banyak flagela untuk bergerak cepat dalam cairan. B. subtilis manipulasi genetik,  Bacillus globigii  sebagai Bacillus atrophaeus , B. subtilis secara historis  diklasifikasikan sebagai aerob obligat, bakteri ini juga  anaerob fakultatif,
B. subtilis  sebagai bakteri Gram-positif yang dipelajari paling baik dan organisme model untuk mempelajari replikasi kromosom bakteri dan diferensiasi sel. Bakteri ini adalah salah satu bakteri dalam produksi enzim yang disekresikan  oleh perusahaan bioteknologi, Bacillus subtilis, sebagai hay bacillus or grass bacillus, Bacillus subtilis adalah bakteri Gram-positif, katalase -positif, ada  di dalam tanah dan saluran pencernaan ruminansia dan manusia.  anggota genus Bacillus, B. subtilis  berbentuk batang, dan dapat membentuk endospora pelindung yang keras,  untuk mentoleransi kondisi lingkungan yang ekstrim.



BAKTERI   TREPONEMA PALLIDUM
Klasifikasi ilmiah
Kingdom:Bacteria,Filum:Spirochaetae,Kelas:Spirochaetae,
Ordo: Spirochaetales,Famili: Spirochaetaceae,Genus:Treponema,
Spesies:T. pallidum,
Treponema pallidum  salah satu bakteri anggota filum Spirochaetae. bakteri ini berbentuk spiral. ada 4  subspesies yang sudah ditemukan, yaitu Treponema pallidum endemicum Treponema pallidum pallidum, Treponema pallidum pertenue, Treponema pallidum carateum,
 Treponema pallidum pallidum  penyebab sifilis pada manusia,
Treponema pallidum pallidum yaitu  bakteri yang motil (dapat bergerak), yang  menginfeksi melalui kontak seksual langsung, masuk ke dalam tubuh inang melalui celah di antara sel epitel. bakteri  ini  dapat ditularkan kepada janin melalui jalur transplasental selama masa-masa akhir kehamilan.
treponema pallidum pallidum yaitu  bakteri yang memiliki genom bakteri terkecil pada 1,14 juta pasangan basa (Mb) dan memiliki kemampuan metabolisme yang terbatas, bakteri  ini  mampu  beradaptasi dengan berbagai macam jaringan tubuh mamalia, Struktur tubuh bakteri ini  yang berupa heliks memungkinkan Treponema pallidum pallidum bergerak dengan pola gerakan yang khas untuk bergerak di dalam medium kental seperti lendir (mucus). bakteri ini mampu  mengakses sistem peredaran darah dan getah bening inang melalui jaringan dan membran mucosa,
belum  ada vaksin untuk sifilis pada tahun 2015. membran luar T. pallidum mempunyai  terlalu sedikit protein permukaan untuk antibodi agar efektif. usaha- mengembangkan vaksin sifilis terhalangi oleh ketidakpastian  kepentingan relatif dari mekanisme humoral dan seluler terhadap imunitas protektif, dan karena protein membran luar T. pallidum belum diidentifikasi secara tidak ambigu,
bentuk T. pallidum adalah  bergelombang rata , tidak seperti spirochete lainnya, yang berbentuk heliks.17 Juli 1998  ahli biologi mensekuensing genom dari T. pallidum. Sekuensing baru-baru ini dari genom beberapa spirochete memungkinkan analisis menyeluruh dari persamaan dan perbedaan dalam filum bakteri ini. T. p. pallidum memiliki satu dari genom bakteri terkecil pada 1,14 juta pasang basa, dan mempunyai  kemampuan metabolisme  terbatas, mencerminkan adaptasinya melalui reduksi genom terhadap lingkungan yang kaya dari jaringan mamalia.



BAKTERI  CYANOBACTERIA

Klasifikasi ilmiah
Domain:Bacteria,Kingdom:Eubacteria,Filum:Cyanobacteria,
Sinonim:
Schizophyceae Cohn, 1879,Cyanophyta Steinecke, 1931,
Oxyphotobacteria Gibbons & Murray, 1978,Myxophyceae Wallroth, 1833,
Phycochromaceae Rabenhorst, 1865,Cyanophyceae Sachs, 1874,
Cyanobacteria atau Cyanophyta atau sianobakteri yaitu  filum bakteri yang memperoleh   energinya melalui fotosintesis,
sianobakteri  menghasilkan  gas oksigen sebagai hasil sampingan fotosintesis, sianobakteri  telah mengubah atmosfer tipis pada awal pembentukan bumi menjadi atmosfer yang teroksidasi, mengakibatkan "perkaratan besar-besaran di Bumi" dan Peristiwa Oksigenasi Besar telah mengubah komposisi bentuk kehidupan di Bumi dengan menstimulasi biodiversitas dan menjadikan organisme anaerobik punah, pada  teori endosimbiotik, kloroplas yang ditemukan pada tumbuhan dan alga eukariotik adalah evolusi dari nenek moyang  cyanobacteria melalui endosimbiosis,
Sianobakteria sebagai mikroorganisme tersukses di Bumi. sebab secara genetik mempunyai   banyak variasi,  dapat hidup di berbagai macam habitat di seluruh penjuru bumi, tersebar di  garam , teluk air tawar,air ,air laut ,darat,  di relung terektstrem di seperti sumber air panas,
ekologi:
Sianobakteria  ditemukan pada habitat terestrial dan akuatik laut, air tawar, tanah lembab, batu yang untuk sementara terkena air di gurun-gurun, batu cadas , tanah di pegunungan,  bebatuan di Antartika. Sianobakteria   sebagai sel-sel planktonik atau membentuk biofilm fototropis (koloni).  Sianobakteria ditemukan di  semua ekosistem endolithik. beberapa bakteri ini sebagai organisme endosimbiosis pada liken, tanaman, bermacam-macam protista, atau spons laut dan menyediakan energi untuk inangnya. bakteri ini   hidup di bulu kungkang, menyediakan suatu bentuk kamulflase.
Sianobakteri akuatik terkenal  terbentuk baik di air tawar atau lingkungan perairan laut. Sianobakteri  memiliki  Blooming yang berwarna biru-hijau atau kuning-kecoklatan. Blooming ini  mengandung racun, hingga perairan  ditutup. Bakteriofage laut adalah parasit utama sianobakteri uniseluler yang hidup di laut,
Sianobakteri  diklasifikasikan menjadi 5  kelompok, berdasar struktur tubuhnya yaitu: Stigonematales,Chroococcales, Pleurocapsales, Oscillatoriales, Nostocales, namun pengelompokan ini  tidak tepat dan proses revisi  dilakukan dengan bantuan teknik-teknik biologi molekular,
Beberapa sianobakteri yang ada di  perairan menghasilkan  geosmin, senyawa organik yang memicu aroma tanah/lumpur.
anabaena bersimbiosis pada akar sikas atau jaringan paku air Azolla dan membantu penyediaan nitrogen bagi inangnya.
Beberapa  sianobakteria menghasilkan  racun sel (sitotoksin),saraf (neutrotoksin), hati (hepatotoksin), yang  membentuk endotoksin sehingga berbahaya bagi mahlukhidup,
Cyanobakteri  satu-satunya kelompok organisme yang mampu me reduksi nitrogen dan karbon dalam kondisi tanpa oksigen (anaerob) atau dengan oksigen (aerob) , Sianobakteri  melakukannya dengan mengoksidasi belerang (sulfur) sebagai pengganti oksigen. Penyematan nitrogen dilakukan dalam bentuk heterosista, sementara penyematan karbon dilakukan dalam bentuk sel fotosintetik, memakai  fikosianin (khas kelompok bakteri ini) maupun pigmen klorofil ( tumbuhan hijau)








-------------------------------------------------------------------























BAKTERI  STREPTOCOCCUS PYOGENESS

Klasifikasi ilmiah
Kingdom: Bacteria,Filum: Firmicutes,Kelas:Bacilli,Ordo:Lactobacillales,
Famili: Streptococcaceae,Genus:Streptococcus,Spesies:S. pyogenes,
Streptococcus pyogenes yaitu  bakteri Gram-positif bentuk bundar  dalam rantai panjang ,penyebab infeksi Streptococcus Grup A  ,bakteri Streptococcus pyogenes menampakkan antigen grup A di dinding selnya dan beta-hemolisis saat dikultur di plat agar darah. Streptococcus pyogenes menghasilkan  zona beta-hemolisis yang besar, gangguan eritrosit  dan pelepasan hemoglobin, dinamakan  Streptococcus Grup A (beta-hemolisis)  ,  streptococcus bersifat katalase-negatif,
Serotipe
Pada tahun 1928, Rebecca Lancefield menjelaskan  cara serotipe Streptococcus pyogenes berdasarkan pada protein M-nya, faktor virulensi yang ditampakkan di permukaannya. , pada tahun 1946, Rebecca Lancefield menjelaskan klasifikasi serologi isolasi Streptococcus pyogenes berdasarkan pada antigen T permukaannya. 4 dari 20 antigen T telah diketahui bersifat pilus, yang dipakai bakteri untuk berikatan dengan sel inangnya. sekarang, sudah lebih dari 100 serotipe M dan sekitar 20 serotipe T telah  diketahui,
Patogenesis:
Streptococcus pyogenes  penyebab banyak penyakit mulai   dari infeksi kulit  ringan hingga penyakit sistemik berbahaya ,  Infeksi  berawal  di tenggorokan atau kulit, Infeksi ringan Streptococcus pyogenes termasuk faringitis .radang kerongkongan,  dan infeksi kulit   impetigo ,  erisipelas dan selulitis dicirikan oleh perbiakan dan penyebaran samping Streptococcus pyogenes di lapisan dalam kulit, perbiakan Streptococcus pyogenes di fasia memicu fasitis nekrosis,
infeksi akibat strain tertentu Streptococcus pyogenes berhubungan  dengan pelepasan toksin bakteri ,infeksi kerongkongan yang dihubungkan dengan pelepasan toksin tertentu memicu  penyakit jengkering (scarlet fever). Infeksi toksigen Streptococcus pyogenes juga memicu  sindrom syok toksik streptococcus,
Streptococcus pyogenes sensitif terhadap penisilin,kegagalan  penisilin  berhubungan dengan organisme  yang menghasilkan  β-laktamase ,strain tertentu  kebal klindamisin, makrolid, tetrasiklin ,
Streptococcus pyogenes juga memicu penyakit sindrom  non-pyogenik tidak  dihubungkan dengan perbiakan bakteri dan pembentukan nanah setempat,  komplikasi penyakit rematik dan glomerulonefritis pasca-streptococcus akut yang  muncul beberapa minggu sesudah  infeksi awal streptococcus. penyakit rematik dengan gejala  peradangan sendi atau jantung
faringitis streptococcus penyebab  infeksi kulit, Glomerulonefritis akut, peradangan glomerulus ginjal,
faktor virulensi  Streptococcus pyogenes bisa berikatan  inang, melawan  respon imun,  menyebar dengan melakukan penetrasi ke lapisan jaringan inang,kapsul karbohidrat yang terdiri  dari  asam hialuronat mengelilingi bakteri, melindunginya dari fagositosis oleh neutrofil , kapsul dan beberapa faktor yang melekat di dinding sel, termasuk protein F (SfbI) , protein M, asam lipoteikoat,
memfasilitasi perekatan ke  sel inang , protein M  menghambat opsonisasi oleh jalur komplemen alternatif dengan berikatan pada regulator komplemen inang,  protein M yang ada   di beberapa serotipe juga dapat mencegah opsonisasi dengan berikatan pada fibrinogen , namun, protein M juga titik terlemah dalam pertahanan patogen ini karena antibodi yang dihasilkan  oleh sistem imun terhadap protein M sasarannya adalah bakteri untuk ditelan fagosit. protein M juga unik bagi tiap strain, dan identifikasi bisa digunakan secara klinik untuk menegaskan strain yang menyebabkan infeksi,
Streptococcus pyogenes mengeluarkan  protein,  faktor virulensi, kepada inangnya:
Streptolisin O dan S yaitu toksin   dasar sifat beta-hemolisis organisme ini. Streptolisin O yaitu racun sel yang  memengaruhi banyak tipe sel termasuk organella subsel,neutrofil, platelet,
mengakibatkan  respon imun dan penemuan antibodinya; antistreptolisin O (ASO) dapat  dipakai  untuk menegaskan infeksi yang baru saja. Streptolisin O dapat meracuni jantung (kardiotoksik),
Eksotoksin Streptococcus pyogenes A dan C  adalah superantigen yang disekresi oleh sejumlah strain Streptococcus pyogenes, Eksotoksin pyogenes pemicu  sindrom syok toksik streptococcus dan ruam penyakit jengkering ,
Streptokinase  secara enzimatis mengaktifkan enzim proteolitik dan plasminogen menjadi plasmin yang akhirnya mencerna fibrin dan protein lain,
Hialuronidase memfasilitasi penyebaran bakteri melalui jaringan dengan memecah asam hialuronat, namun, sedikit isolasi Streptococcus pyogenes yang bisa mensekresi hialuronidase aktif akibat mutasi pada gen yang mengkodekan enzim, apalagi, isolasi  sedikit yang dapat  mensekresi hialuronidase tidak tampak memerlukannya untuk menyebar melalui jaringan atau menyebabkan lesi kulit, sehingga, bila ada, peran hialuronidase  dalam patogenesis tetap belum diketahui,
 strain Streptococcus pyogenes cenderung   mensekresikan lebih dari 4 DNase yang berbeda ( streptodornase)   , DNase melindungi bakteri agar tidak terperangkap pada  ekstraseluler neutrofil (NET) dengan mencerna jala NET di DNA, yang diikat pula serin protease neutrofil yang bisa melawan  bakteri,
C5a peptidase  membelah kemotaksin neutrofil kuat (C5a) yang diproduksi oleh sistem komplemen,  C5a peptidase meminimalisasi aliran neutrofil di awal infeksi karena bakteri berusaha mengkolonisasi jaringan inang,
Kemokin protease streptococcus
Jaringan pasien yang terkena dengan kasus fasitis nekrosis parah sama sekali tidak ada neutrofil. Serin protease ScpC, yang dilepas oleh Streptococcus pyogenes, bertanggung jawab mencegah migrasi neutrofil ke infeksi yang meluas. ScpC mendegradasi kemokina IL-8, yang sebaliknya menarik neutrofil ke tempat infeksi. C5a peptidase, meskipun diperlukan untuk mendegradasi kemotaksin neutrofil C5a di tahap awal infeksi, tak diperlukan untuk Streptococcus pyogenes mencegah aliran neutrofil karena bakteri menyebar melalui fasia.
Diagnosis
Biasanya, usap tenggorokan dibawa ke laboratorium untuk diuji. Pewarnaan Gram diperlukan untuk memperlihatkan Gram-positif, coccus, dalam bentuk rantai. Kemudian, organisme di agar darah dikultur dengan tambahan cakram antibiotik basitrasin untuk memperlihatkan koloni beta-hemolisis dan sensitivitas (zona inhibisi sekitar cakram) antibiotik. Lalu dilakukan uji katalase, yang harus menunjukkan reaksi negatif untuk semua Streptococcus. Streptococcus pyogenes bersifat negatif untuk uji cAMP dan hipurat. Identifikasi serologi atas organisme itu melibatkan uji untuk adanya polisakarida spesifik grup A dalam dinding sel bakteri menggunakan tes Phadebact. Karena uji tindak pencegahan juga dilakukan untuk memeriksa penyakit penyakit seperti, namun tak terbatas pada, sifilis, dan nekrosis avaskular, dan kaki pekuk.



BAKTERI   MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS

Klasifikasi ilmiah
Kingdom: Bacteria,Filum: Katok,Ordo: Actinomycetales,
Subordo: Corynebacterineae,Famili: Mycobacteriaceae,
Genus: Mycobacterium, Spesies:  M. tuberculosis,
Mycobacterium tuberculosis atau  abasilus Koch yaitu  pertama kali ditemukan  pada tanggal 24 Maret 1882 oleh Robert Koch,
bakteri ini  penyebab penyakit tuberkulosa,



BAKTERI   VIBRIO CHOLERAE

Klasifikasi ilmiah
Kingdom:Bacteria,Filum:Proteobacteria,Kelas:Gamma Proteobacteria,
Ordo:Vibrionales,Famili:Vibrionaceae,Genus:Vibrio,Spesies:V. cholerae,
V. cholerae ditemukan pertama kali oleh  Filippo Pacini  ahli anatomi dari Italiapada tahun 1854
Vibrio cholerae adalah  bakteri motil  dapat bergerak gram negatif,
tumbuh di lingkungan akuatik berasosiasi dengan eukariot,
dengan  struktur antogenik dari antigen kemoorganotrof,flagelar H dan antigen somatik O, gamma-proteobacteria dan mesofilik ,berbentuk batang yang melengkung  ,Vibrio  patogenisitasnya pada manusia, terutama Vibrio cholerae penyebab penyakit kolera ,  bakteri  ini baru terkenal  setelah Robert Koch, yang mempelajari penyakit kolera di Mesir, pada tahun 1883,
untuk  identifikasi fenotipe V. cholerae yaitu uji lisin dekarboksilase dan ornitin (arginin) dekarboksilase, oksidase, Kliger Iron Agar (KIA), dan uji indol. V. cholerae akan menunjukkan hasil positif pada keempat uji biokimia tersebut. Hasil positif untuk uji oksidase dan uji lisin dan arginin dekarboksilase adalah terbentuknya warna ungu tua. Untuk uji indol, akan terbentuk warna merah keunguan pada permukaan,Pada uji KIA, tidak terbentuk gas, dengan slant (bagian permukaan media) berwarna merah (bersifat basa) dan butt (bagian dasar media) berwarna kuning (bersifat asam).,
untuk isolasi dan pemurnian  pertumbuhan  vibrio  menggunakan media Thiosulfate-citrate-bile salts agar (TCBS) ,sukrosa sebagai sumber karbon akan berwarna hijau , sedangkan yang lainnya berwarna kuning,  beberapa mikroba  yang  dapat tumbuh pada media ini, yaitu Shewanella,  Staphylococcus, Flavobacterium , Pseudoalteromonas ,
 untuk perbanyakan Vibrio,  digunakan media Alkaline Peptone Water (APW) yang memiliki pH relatif tinggi, yaitu  8.4 dan mengandung NaCl  2%.  pertumbuhan  vibrio bisa  pada suhu  20  hingga 35oC.